段位三作业2

3.miRNA交互作用分析

1)以miR-34a-5p为例,在TargetScan、miRPathDB、StarBase数据库预测候选靶基因,并提交三者取交集的韦恩图(StarBase数据库筛选“CLIP Data”medium stringency≥2的靶基因)。

2)使用miRwalk数据库对GSE43732数据集中的差异miRNA进行靶基因预测,并对预测结果做聚类分析。
【选择文件】(5MB以内)
4.转录因子交互作用分析

1)以mTOR为例,使用Jaspar及Animal TFDB数据库预测以其为靶基因的转录因子。

2)我们选择第一问中从预测到的转录因子ZNF384,在Cistrome Data Browser数据库中预测GM12878(人B淋巴细胞系)中的靶基因。
【选择文件】(5MB以内)

1题 | 被引用0次

模板修改
使用此模板创建