段位三作业2
3.miRNA交互作用分析
1)以miR-34a-5p为例,在TargetScan、miRPathDB、StarBase数据库预测候选靶基因,并提交三者取交集的韦恩图(StarBase数据库筛选“CLIP Data”medium stringency≥2的靶基因)。
2)使用miRwalk数据库对GSE43732数据集中的差异miRNA进行靶基因预测,并对预测结果做聚类分析。
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4.转录因子交互作用分析
1)以mTOR为例,使用Jaspar及Animal TFDB数据库预测以其为靶基因的转录因子。
2)我们选择第一问中从预测到的转录因子ZNF384,在Cistrome Data Browser数据库中预测GM12878(人B淋巴细胞系)中的靶基因。
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