段位一作业1

以下4题为生信体系课前两个模块对应的作业,可选做其中2题,下周一群内讲解答案~
假如现在打算做一个文章,目的是寻找肝细胞癌的预后标志物:

1)请在GEO数据库中检索合适的芯片数据,要求:人组织标本、含有正常样本、芯片数据,并给出完整的检索式以及相应的GSE编号;
2)判断GSE101685是否能够使用GEO2R进行差异分析?如果可以,请使用GEO2R进行差异分析,并将有意义的结果筛选出来并提交,筛选标准为:FDR<0.05且logFC>1.
【选择文件】(5MB以内)
3)请使用NetworkAnalyst网站对data1数据进行PCA分析,并将PCA结果图片提交
4)请使用NetworkAnalyst网站对data1数据进行差异分析,并提交差异基因的火山图及热图。(data1数据见附件)
【选择文件】(5MB以内)

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