2016年，市职防院自主研发的“结核病防治手机一体化管理系统”（简称“微督导系统”）上线并在全国多地推广使用，助力结核病防控。
2017年11月，市职防院成立成人预防接种门诊，并于2018年2月在全市率先开展HPV疫苗接种。
2018年4月，市职防院成为广东省首家获得放射卫生技术服务甲级资质的地市级职防机构。
2019年9月，惠州市省级核辐射突发事件卫生应急队伍完成组建并通过省卫生健康委的预评估。
2017年-2020年，市职防院开展重点行业企业的职业病危害风险评估工作，有效降低了全市职业病发病风险。
